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jeudi 1 décembre 2022

Gui (Viscum album)

Parlons de la plante qui s'appelle gui en français et mistletoe, mistel, misteli etc. dans plusieurs autres langues. La plante même ne s'explique pas à partir de ces noms quotidiens. Son nom latin Viscum album est par contre bien instructif. Viscum fait référence à la plante dont les fruits (ou baies) contiennent du liquid visqueux et collant, et album à la couleur blanche de ces fruits.

Étymologie de ces noms familiaux est mal connu. Pour mistletoe, mistel, misteli etc. il semble que l'origine reste inconnu. On a proposé que gui vienne de viscum via un ancien langage germanique où on utilise sur la place de v la lettre w. Mais, comme Wilhelm se transforme en Guillaume, le v de viscum devient remplacé par gu. Ainsi "wi" deviendrait gui. Et ça suffit pour les français. Selon la coutume française la fin du mot, quoi qu'il soit, peut être tranché, si la part qui reste fonctionne. 

Le gui était pour les druides la plante sacrée dont les fruits et branches étaient utilisé aux rites religieux (pour détails il vaut voir l'opéra Norma de Vincenzo Bellini, dont le livret est bien soigneusement écrit et se base sur la connaissance de la culture des druides plutôt que de l'imagination comme souvent est le cas dans la littérature d'opéra. La branche du gui a quelque importance même aujourd'hui en décor et porte-bonheur pendant la nouvelle année dans les pays qui maintiennent, pour les raison historiques, des traditions celtiques. 

La plante même est bien curieuse. Elle est une sorte de parasite qui pousse sur les branches de quelques espèces d'arbre comme peuplier et pommier. Elle n'as pas de racines mais se fixe sur le hôte autrement – et l'exploite. Pourtant le gui le fait de la façon que l'on peut qualifier délicate. Bien sûr le hôte souffre un peu, mais le tolère à peu près comme s'il était la question de l'hospitalité vers le compagnon. Si le pommier donne moins de récolte, c'est plutôt le mal de tête du propriétaire du pommier.

Le gui a le problème interne assez sérieux à cause de ses propre fruits: ils sont très toxiques. Il n'y a que quelques espèces d'oiseaux au monde, possiblement une seule, qui soient capable de s'en nourrir. Cela signifie pour les grains du gui que leur dissémination est dictée, aussi radicalement limitée, par la population locale de tels oiseaux. Tout récemment les premières observations ont été fait au sud de la Finlande sur les guis poussant dans la nature. Si cette plante commencerait à se multiplier ici, c'est certainement grace à cette espèce d'oiseau spécialiste. Elle s'appelle grive viscivore, kulorastas.

Le nom latin de la grive viscivore est Turdus viscivorus. Turdus est le nom latin de la famille des grives. Le nom de l'espèce, viscivorus est en français viscivore désignant "ce qui mange des fruits du gui". Viscivore est analogue à garnivore, piscivore, granivore etc. Ces attributs ne sont pas limitatifs. En effet, la spécification de cette grive par le titre viscivore est exagérante, parce qu'elle est typiquement omnivore. 

La grive viscivore a resté assez mal connue, parce qu'elle est bien craintive. Elle est la plus grosse des grives et peut être observé le plus souvent au printemps par son chant. Le chant, pourtant, n'est pas facile de distinguer de celui du merle. Chez nous, dans la réserve naturelle privée de cinq héctares, nous sommes favorisés d'avoir la grive viscivore chaque printemps. Je ne l'ai pas vu que quelques fois mais j'ai fait plusieurs enregistrements de son chant.

Gui, soi bienvenu ici!




mercredi 4 août 2021

Papillons



 Apres assez long temps j’ai décidé d'ecrire quelques lignes en français pour ne pas entièrement oublier cette capacité. Cette été a été différente. La temperature a persisté à rester vers 30 degrées et plus qui a presque paralysé toutes les activités en dehors comme le tennis et les randonnées au bois, et dérangé même la vie dedans. Mais il y a aussi des choses positives. Quelques plantes ont fleuri mieux qu´avant et attiré des bourdons et papillons. Voici mes récentes observations de quelques espèces de papillons diurnes.


 Grand mars changeant (Häiveperhonen, Apatura iris) femelle entrée.

 Tabac d'Espagne (Keisarinviitta, Argynnis paphia) entré.


   
 Petite tortue ou Vanesse de l'ortie (Nokkosperhonen, Aglais urticae)
 abondant sur l'origan (oregano, mäkimeirami, Origanum vulgare).

 

Moiré blanc-fascié (Metsänokiperhonen, Erebia ligea) avec petite tortue.


Carte géographique (Karttaperhonen, Araschnia levana


Cela essai d'expliquer le nom.

mercredi 20 mars 2019

Palindromes dans l'ADN

Des palindromes peuvent se trouver dans les objects dont la structure se compose de parts discrètes regroupées en chaîne. Possiblement les palindromes les mieux connus sont ceux-ci qui se composent de lettres, c’est à dire, les palindromes verbaux. Il est facile d’imaginer l’occurence de chaînes palindromes aussi en nombres entiers tels 1, 121, 35053, etc., et même le fait comment telles chaînes peuvent se former spontanément comme font les années: la prochaine année palindrome sera 2112. Le compositeur de musique peut organiser la succession de notes en palindrome comme a fait, par exemple, J.S. Bach dans son canon cancrizans (”rapukaanon”). Ainsi il est clair que des fragments palindromes doivent se trouver aussi dans l’ADN, la chaîne moléculaire constituée de millions d’unités monomères. 

Dans ce contexte il est possible de traiter la structure palindrome de l’ADN sans aller aux détails chimiques du molécule. Il suffit de remarquer que le molécule se compose de deux polymères parallèles (plutôt antiparallèles) qui s’enroulent pour former une double hélice. La chaîne où alternent désoxyribose (sucre) et phophate forme la squelette des polymères (”brins”). Les deux brins sont liés l’un à l’autre par des liaisons d’hydrogène entre les bases azotées attachées aux sucres, comme des branches perpendiculaires à l’axe de la double hélice. C’est justement ces bases qui sont les protagonistes en ce qui concerne des palindromes ici. Les bases sont quatre hétérocycles aromatiques: adénine (A), guanine (G), cytosine (C) et thymine (T). La liaison d’hydrogène est possible seulement entre A et T et entre G et C. Cette restriction signifie alors que si A est attaché au sucre dans la position spécifique de l’un des brins de la double hélice, dans la position opposite de l’autre brin faut-il se trouver T. La même chose est valide pour l’appariement de G et C. Autrement dit, les deux brins sont complémentaires. L’un des brins est le moule et l’autre est synthétisé. Si l’un a le fragment CCGAGT, l’autre est nécessairement GGCTCA. Ainsi l’information est conservé et le dernier peut agir à son tour en moule pour synthétiser la réplication de l’originale.

Supposons que les répétitions inversées de segments d’ADN des quatre bases sont AGCT et TCGA. Il y a des bactéries capable de sécréter, à l’intérieur de cellule d’un autre organisme, de l’enzyme qui reconnait  le palindrome (AGCTTCGA) et coupe l’ADN entre les molécules G et C. Cette attaque a eu de l’effet sur l’évolution. 

xxxAGCTxxx     ---->       xxxAG    CTxxx
xxxTCGAxxx     ---->       xxxTC    GAxxx

D’autre part ces enzymes de restriction sont utilisé aujourd’hui comme la méthode de routine de coupage d’un double brin en un point précis pour faciliter ou rendre possible le séquençage du génome.

Des palindromes peuvent se former aussi dans le brin singulier comme RNA. Dans cette état le molécule est flexible et les répétitions inversées dans les positions écartées ont la chance de trouver l’un l’autre et s’attacher par les liaisons d’hydrogène, ainsi formant des pièces de double brin palindromes au milieu du brin singulier. Le résultat est la structure saillissante appelée ”épingle à cheveux”. Quand ce phénomène se passe dans le double brin, les deux épingles aux positions opposées créent la structure cruciforme. 

Les formations palindromes au-dessus, ne correspondent pas exactement à la définition de palindrome verbal. Mais en comparaison avec les palindromes musicaux on peut trouver des similarités. La musique est polyphonique. La notation pour le piano a toujours deux portées. Les portées sont comme les deux brins de l’ADN. En effet le Canon cancrizan de J.S. Bach est palindrome dans ce sens. Il y a 18 mesures dans cette composition. C’est une invention à deux voix. La première voix commence avec le thème principal (”le royal”) et la deuxième avec le contrepoint. Le point de symétrie est entre les mesures 9 et 10. La première voix, depuis le début jusqu’au point de symétrie, est suivi par la deuxième voix, avec le thème principal inversée. La deuxième voix qui avait commencé avec le contrepoint est suivi par la première voix avec le contrepoint inversée.

Bach n'était pas obligé d'organiser la structure de la façon qu'il a faisait. En effet, je ne sais pas pourquoi il voulait permuter les deux voix. Voici un fragment du canon de Bach comme il l'a écrit et un fragment de mon étude qui représente la composition musicale complètement symétrique. Dans le Crab canon la permutation n'aurait aucun effet parce que les deux voix sont joué au piano. Le texture de piano dans mon étude n'irait pas si bien pour violoncelle.




Les fragments de musique au-dessus démontrent 4 mesures avant le plan symétrique et 4 mesures après. Dans l'oeuvre de Bach la structure palindrome est pareille à celle de double brin de l'ADN tandis que les mélodies pour piano et violoncelle dans mon étude sont chacune entièrement palindromes.

lundi 27 mars 2017

Complexité

”La réalité est complexe.” Cette phrase a l’air d’une déclaration d’une trivialité dont il est facile, intuitivement et superficiellement, d’être d’accord. Mais elle peut représenter aussi le point de départ d’une révolution scientifique, le plus profond jamais, qui nous mène vers un nouveau paradigme de toute science et en conséquence vers une nouvelle vue du monde. Cette dernière est le scénario que je veux brièvement examiner. Que désigne-t-on par les termes réalité et complexe ici?

Commençons par la complexité. Complexe peut se confondre avec compliqué. Par exemple, le langage de spécialiste peut être compliqué aux profanes en sens d’être inintelligible. Le public peut trouver la musique contemporaine ou moderne trop compliqué pour en saisir son idée. Beaucoup de vieillards trouvent l’utilisation des moyens modernes de communication trop compliquée pour eux. Dans toutes ces phrases le terme compliqué exprime une impression subjective. Le terme complexité a été récemment choisi par des chercheurs pour désigner la propriété intrinsèque de la réalité indépendant de ce que l’homme en pense. Il sert ainsi de la démarcation entre la réalité et sa modèle formelle qui est incapable de capturer toutes ses propriétés. 

Attribuant le terme complexité à la réalité ne spécifie pas encore la signification des termes complexité et complexe. Pour la rendre explicite on est obligé de plonger dans les profondeurs de la réalité. J’utilise le terme réalité dans le sens ”tout ce qui est”, c’est à dire la totalité pour laquelle on utilise aussi des termes univers ou monde. Ainsi, tout ce que je vais dire concernant de la réalité est une prise de position ontologique et il s’agit alors, par nécessité, de l’ontologie adéquate opposée des ”ontologies” des domaines spécifiques. Il est important de comprendre que la réalité comprend aussi nos pensées en tant que produits de notre corps (embodied mind) quoiqu’ils demeurent en dedans du corps.

Ça fait presqu’une trentaine d’années que le terme ”science of complexity” apparaissait dans la littérature scientifique américaine. Ca peut être pris, si on veut, pour le premier signe de la volonté de poursuivre un nouveau paradigme, mais alors le contenu de ce terme n’était pas spécifié de façon précise. Un essai de le faire était publié dans l’editorial du numéro 38 de La Lettre Chemin Faisant en 2001. Selon ce qui était proposé, la science de la complexité ”ne peut caractériser une discipline scientifique parmi d’autres, et nulle discipline ne saurait s’en attribuer la propriété épistémique. L’intelligence de la complexité, les modes de représentations et d’interprétations pour action qu’elle appelle, concernent toute l’activité scientifique en des termes interdisciplinaires. Chaque discipline peut se les approprier, dès lors qu’elle le fait intelligiblement en un même langage substrat, et qu’elle explicite la légitimation épistémique des propositions qu’ainsi elle construit. Et elle concerne aussi toute activité humaine collective, qui ne peut jamais s'enfermer durablement dans une stricte division du travail (qui est aussi division des travailleurs), et qui ne peut s'exprimer qu'en termes d’interactions”. 

Si tout ça s’effectuait, nous serions dans la situation que je proposait en 2000 dans un article en deux parts intitulé ”Université doit former des généralistes”. Mes thèses principales dans cet article étaient que (1) le nouveau paradigme à venir sera par nécessité holistique, (2) il se basera sur l’ontologie adéquate et sa langue unifiée, et (3) la théorie centrale unifiante sera probablement celle de la conception. Une dizaine d’années avant j’avait mis en route le développement de l’ontologie PSSP. Sa langue unifiée donnait pour la première fois la possibilité de produire des modèles holistiques intégrant la connaissance des artéfacts et celle des activités de l’homme et de prendre le premier pas vers la théorie générique de conception. Mais tout avancement jusqu’ici au cadre de ”la science de complexité”, incluant le succès de la théorie de chaos, n’est que de petits pas à côté du défi total de la complexité de la réalité.

La réalité dans sa totalité est créative. Autrement dit, la réalité produit spontanément sans cesse de nouvelles structures et phénomènes qui sont imprévisibles. Cette émergence restrain sérieusement l’utilité de réductionnisme et déterminisme, mais au même temps, dans sa créativité, elle tente à ruiner la nécessité d’un créateur surnaturel imaginé dit le Dieu. La réalité n’est pas homogène. Ontologiquement la réalité est nécessairement modulaire et hiérarchique.

Il y a des niveaux où les idées de réductionnisme et déterminisme sont bien valides comme témoigne le succès des projets spatiales: l’envoi d’une sonde et sa pose avec précision au surface d’un corps céleste se base sur les lois de Newton. Tout ça, malgrè très compliqué, est pourtant déterministique et ainsi pas complexe. Au même temps la biosphère est continuellement l’objet de l’évolution. Elle est complexe en conséquence de l’émergence qui s’exerce via la variation et la sélection, surtout des protéines capables de se reproduire. 

La marche triomphale de la science newtonienne aveuglait la communauté scientifique tant que peu à peu la modèle simplifiée de la réalité devenait l’ontologie même. Au même temps le niveau de réalité ignoré, celui-ci où demeure la complexité, était longtemps laissé ouvert pour la mystification, une source d’inspiration bien exploitée dans les domaines de l’art et de la religion. Aujourd’hui la réduction anticipée de cette espace menace de faire le Dieu une espèce en voie de disparition. Le pionnier de la théorie de complexité, Stuart Kauffman, propose dans son livre ”Reinventing the Sacred”, 2008, la redéfinition des termes Dieu et Sacré. ”Dieu” faisant référence à une construction théorique inventé par l’homme et ”Sacré” à quelque chose de divine, c’est à dire, à ce qui vient de Dieu, ainsi aussi bien inventé par l’homme, pourraient été donné de nouvelles connotations surgissant de la créativité de réalité.

Mais quelles sont les chances de succès de l’homme en attaquant la complexité de réalité? Est-ce que c’est face à l’émergence quand l’homme est enfin obligé d’avouer son insuffisance? Kari Enqvist, physicien et cosmologiste, prend la position dédramatisante à l’égard de l’émergence en tant qu’obstacle infranchissable. Pour lui le terme ne signifie que l’insuffisance de la modèle formelle spécifique adoptée (”effective model”) qui s’élimine par la révision de la modèle. Francis Heylighen, cybernéticien, a publié la taxinomie des types d’émergence en 1991. Il argumente que pour décrire l’émergence on doit recourir à la métamodèle dont la fonction est de contrôler la transition d’une modèle à l’autre représentant des variations retenues.

L’homme, un composant de la biosphère, possède la capacité unique, ainsi distinctive, de changer la réalité de façon consciente. C’est à dire, il a la capacité de concevoir. La conception se base sur la raisonnement déductive et inductive, comme fait l’analyse, mais en particulier sur la raisonnement abductive qui avance à l’envers, de l’effet à la cause. L’abduction a la caractère d’une course d’orientation dans un terrain inconnu avec la carte qui n’a que les courbes de niveau mais aucune information concernant la biodiversité de la végétation. Pour l’orienteur chevronné, faisant confiance à son intuition et créativité, une telle course n’est qu’une experience passionnante: il réussi de trouver son trajet qui n’est pas théoriquement optimal mais pas loin de là. Concepteur est capable de prévisions cultivés.

Comment formellement intégrer l´homme et son environment, c’est la question fondamentale de la théorie générique de conception. Il y a une vingtaine d’années j’en résumait mes idées en la modèle que j’appelle la cercle de conception (design cycle). Simplement exprimé, c’est la modèle dynamique de la conception de n’importe quoi. Ainsi, c’est aussi la modèle pour concevoir la modèle de l’émergence. Ainsi dit, je conclure que l’apprivoisement de la complexité de réalité semble possible. Au même temps il est sage de s’apprêter à l’émergence des surprises.





mercredi 30 mars 2016

Sur la biodiversité de Nuuksio


La résumé du recensement d’oiseaux dans la région IBA (Important Bird and Biodiversity Area) de Nuuksio l’année dernière vient d’être publiée dans le premier numéro de Tringa, le magazine de la Société Ornithologique de la Région de Helsinki, du même nom. Sur dix pages, les résultats numériques et les tendances sur cette base sont présentés par le responsable du projet, Margus Ellermaa. Comme il constate, on ne manque pas de data. La région est vaste, 126 kilomètres carrés. Elle était divisée en 98 secteurs. Pour chaque secteur était alloué un recenseur responsable, dont quelques-uns avait un partner ou deux. Le nombre total des recenseurs était 128, dont 28 femmes.  

Le recensement était réalisé en trois phases, dont la première au début d’avril, la seconde au début de mai et la troisième à la fin du mai et au début du juin. Le devoir du recenseur était de parcourir son terrain pendant la période matinale la plus active des oiseaux depuis le lever du soleil, c’est à dire, ne pas consommant plus de cinq ou six heures chaque matin pour faire et enregistrer ses observations. Au surplus, les recenseurs étaient conseillés de faire en juin une écoute nocturne des engoulevents (kehrääjä). Après chaque excursion toutes les observations étaient saisies à Tiira, le site d’Internet des ornitologues. 

Que peut-on dire maintenant sur le statut de la biodiversité de cette région IBA? Quel est le niveau present de la population des espèces-clés de Nuuksio, le pic cendré  (harmaapäätikkaet l’engoulevent, en comparaison avec celui dans le recensement en 2007? Il semble que ça va bien avec le pic cendré: 29 observations étaient rapportées. Le nombre des couples nichants est le même qu’avant. Comme il est conclu par Margus, il semble que dans Nuuksio toutes les territoires du pic cendré, et aussi celles du pic noir (palokärki) et pic tridactyle (pohjantikka), sont ”occupées”. L’écoute nocturne de l’engoulevent était fait seulement dans 79 secteurs. Pourtant le nombre total des ronronments rapportés était 37. Considérant que le chant, audible à 1 km, est entendu en période de nidification, le résultat doit correspondre le niveau de la population nichante exigé. Alors, la biodiversité de Nuuksio, estimée sur la base des populations nichantes des espèces-clés de Nuuksio, a resté constante et ne semble pas menacée. Le statut de Nuuksio en tant que la région IBA n’est pas menacée, non plus. Naturellement, on recensait au même temps le nombre des autres espèces aussi, excepté ceux les plus abondants.

Engoulevent (Kehrääjä)
       
  
Pic cendré (Harmaapäätikka)











Mon secteur était une combinaison de deux complètement différents biotopes au coin nord-ouest de la région. L’un est une éspace élevée rocheuse couverte des forêts conifères et divisée par quelques dépressions de marais parallèles. Elle est bordée de l’autre côté par le lit profond du ruisseau Myllyjoki qui afflue au lac Poikkipuoliainen. Cet autre est une espace marécageuse, majoritairement infranchissable, dit Letku, formée au fond du lac Salmijärvi. Il était impossible de parcourir chacune de ces deux espaces pendant une matinée. C’est pourquoi le nombre de visites était nécessairement six au minimum.
L’espace collinaire de mon secteur, avec ses grands arbres dont plusieurs morts ou dépérissants, est évidemment l’habitat idéal du pic noir (palokärki). Je visitais le site pour la première fois au milieu de mars et déjà alors le tambourinage et les cris puissants d’un couple de pic noir dominaient le paysage sonore. La vallée de Myllyjoki offre pourtant une ambiance différente. Ses pentes attirent des troglodytes (peukaloinen). Au début d’avril, dans la bouche du ruisseau poussaient les bois-jolis (näsiä) de la taille de l’homme et en amont, au debut de mai, fleurissaient les dorines (linnunsilmä). 


Bois-joli (Näsiä)
Dorine (Linnunsilmä)

Au printemps le débit du ruisseau est suffisant pour former un obstacle aux mammifères. Alors la seule route d’une côté du ruisseau à l’autre est par l’ancien pont foréstier. Par hasard, j’étais sur place au début d’avril quand il était tombé une couche de la neige pendant la nuit. Sur ce carrefour il y avait les traces fraiches du lynx (ilves) et du blaireau (mäyrä) vers opposites directions et les traces du colvert (sinisorsa) vers la diréction perpendiculaire. Il n’etait pas possible de conclure lequel de ces piétons y était arrivé le premier, mais probablement ils n’étaient pas sur le pont au même temps.
Blaireau (Mäyrä) et Lynx (Ilves

Cette espace marécageuse est comme une couche flottante dont la cohésion est assurée par les racines de la dense végétation des buissons composés des boulots et des saules. Elle est appréciée par le pic épeichette (pikkutikka) et le pic cendré, mais aussi par les oiseaux comme le hipolaïs ictérine (kultarinta) et la rousserole effarvatte (rytikerttunen). 

Marécage (Letku)

Parce que j’habite au bord de la région recensée, il est normal que j’ai rapporté aussi des observations en dehors de mon secteur. Les espèces suivantes ne sont pas sans intéret de point de vue de la biodiversité de Nuuksio. Un couple du plongeon arctique (kuikka) a réapparu au lac Iso Parikas comme chaque année avant. La chouette hulotte (lehtopöllö) avait la nidification réussi dans mon nichoir et produisait quatre jeunes. 

Chouette hulotte (lehtopöllö)


Plongeon arctique (kuikka)



À la Saint-Jean nous avons fait, moi et ma femme, une promenade nocturne de trois heures depuis minuit à travers des forêts de Nuuksio en écoutant l’engoulevent. C’était une expérience passionnante et exaltante malgré le fait qu’on avait rien entendu. Aussi ce résultat-ci était bien rapporté.

Les photos d'oiseaux sont du site http://www.oiseaux.net

vendredi 25 mars 2016

J'aime l'araignée, moi aussi

L’araignée est un animal qui fait peur et fascine au même temps. Dans les textes de Victor Hugo l’araignée apparait souvent. Victor Hugo l’aime. Dans son poème ”J’aime l’araignée” il explique: J’aime l’araignée et j’aime l’ortie parce qu’on les hait.

Nous avons dans la maison assez régulièrement une espèce d’araignée bien sympa. Elle se trouve sur la mur ou le sol, assez souvent dans la salle de bain et quelque fois sur les feuilles des plantes. Elle est entièrement verte et assez large. C’est justement pourquoi cette espèce attire immédiatement d'attention et fait plusieurs prendre peur. En raison de sa couleur et sa taille on est tenté de penser qu’elle est poisonneuse et veut nous mordre. Mais cette espèce comme les araignées en général n'est pas agressive. La plupart des araignées sont incapables de nous transpercer la peau. 


Araignée verte (Micrommata virescens)

Araignée est en finnois hämähäkki. Le mot est composé de deux part: hämä qui vient du verbe hämätä signifiant tromper, et häkki qui est la cage. C’est un nom assez curieux parce qu’en effet il fait référence à la toile d’araignée et pas à l’araignée même. Mais c’est étymologiquement similaire au mot français qui vient du gréc arachne composant du verbe aro (je tisse) et du substantif achne (ce qui est fin et légere). 

Possiblement ce fait n’est pas tellement bien connu que la plupart des araignées qui tissent mangent la toile usée avant de la refaire. La soie est composée de protéines que l’araignée est capable d’assimiler complètement. Par ce recyclage l’araignée récupere une grande portion d’énergie consommée pour la production de la toile et pour l’emmaillottement de la proie. Avec les marqueurs radioactifs on a pu vérifier que parfois déjà après une demi heure la protéine consommée se trouve dans la toile nouvelle. L’araignée est le recycleur parfait.

jeudi 12 novembre 2015

Que sait-elle, la chauve-souris?

Une de mes connaissances m’a raconté avec enthousiasme d’avoir reçu, en cadeau du Jour des papas, un livre publié en 2015 à titre ”Comment semble-t-il être un animal?” C’est la question du livre de Helena Telkänranta, biologue d’évolution. Le titre évoque immédiatement une association à l’argument du philosophe Thomas Nagel: ”Une chauve-souris seul peut savoir quel effet fait-il d’être une chauve-souris”. De cette base je lui, à ma connaissance, répondais que le titre du livre est osé: comment peut-elle, l’ecrivain, dire d’autre que des spéculations sur des sentiments d’un animal autre d’un être humain. Je posais cette réponse, fourni d’un émotico, pour provoquer des argumentations.

En effet je ne partage pas tout ce que propose Nagel (né en 1937). La phrase ci-dessus, bien connue et souvent référée, a été critiquée au domaine des neurosciences cognitives, parce qu’elle se base sur l’idée de Nagel selon laquelle le fait qu’un organisme ait du tout une expérience consciente signifie qu’il y a quelque chose qui fasse l’effet d’être cet organisme - c’est à dire, quelque chose pour cet organisme. Celui qui fasse l’effet pour l’organisme soit alors le caractère subjectif, ou la qualité, de l’experience. (voir Bennett, M. et Hacker, P., Philosophical foundations of neuroscience, 2003). Ainsi dit, Nagel semble avoir offert la clef à la conception de l’organisme conscient et à la conception de l’experience consciente. 

Si cette interprétation de ce qu’a voulu dire Nagel est correcte, les conceptions se formulent comme suivant:
  1. Un organisme est conscient ou a une experience consciente si, et seulement si, il y a quelque chose qui fasse l’effet pour l’organisme d’être l’organisme qu’il est.
  2. Une expérience est consciente si, et seulement si, il y a quelque chose qui fasse l’effet pour le sujet de l’experience d’avoir cette experience.
Ainsi, selon Nagel, il y a quelque chose qui fait l’effet pour une chauve-souris d’être une chauve-souris (malgrès nous ne pouvons pas imaginer ce quoi qu’il soit) et, aussi, il y a quelque chose qui fait l’effet pour nous d’être êtres humains (et nous tous savons ce quel effet fait-elle, cette ”quelque chose”, pour nous).

Ces définitions ont été partagées par plusieurs philosophes mais profondement critiquées par plusieurs rechercheurs des neurosciences. Pour ces dernières la seule manière d’accepter la question ”Le quel effet fait-il d’être X” est de la transformer en ”Comment semble-t-il être X”, qui est justement le titre du livre (X = animal), et puis associer cette dernière à l’effort d’acquisition des caracteristiques de la vie de X. Alors il est complètement possible de donner la réponse et on ne doit pas être X ou similaire de X pour le faire. Tout ce qui suffit est d’être bien informé de la vie de X.

Notre biologue d’évolution est évidemment bien informé. Son livre est un des candidats pour le prix de Tieto-Finlandia.

vendredi 27 février 2015

Souffre pour être couronné

Le pape a enfin admis, evidemment après une longue reflection, que le big bang et l’evolution sont vrais!

Au même temps ailleurs. À la nuit tombante une espèce de carapus acus, comme la plupart des espèces de cette famille de poisson (neulakala en finnois), sort le cloaque d’une holoturie ananas, ou une autre espèce de la famille des concombres de mer (merimakkara en finnois), où elle a passé la journée, pour commencer la chasse nocturne des petits crustacés. Quand l’aube blanchit la poisson doit chercher refuge et elle retourne à sa résidence, par l’anus du concombre. Ou elle choisit une autre résidence dans le voisinage. Le concombre, étant impotent, reste sur sa place. Et les portes sont ouvertes. 

Le concombre mene une vie apparemmant passive. Il grappille de la biomasse morte autour de soi et ne semble pas s’inquiéter de ses habitants, dont le nombre peut s’élever jusqu’à plus de dix. Pourtant quelques espèces de carapus mange pendant leur visite aussi des entrailles et gonades du maître. Mais cela n’est pas fatal pour le concombre. Effectivement son seul moyen de se défendre est de défequer ses entrailles. Au même temps les habitants deviennent violemment expulsés. Heureusement le concombre est capable de produire les nouvelles entrailles. 

Pour le concombre il est certainement soulageant de savoir qu’il nétait pas conçu pour cette finalité.


J’ai ecrit ce texte selon l’article par Niko Kettunen publié dans le rubrique Science de Hesari le 31 octobre 2014 sous le titre L’animal de la semaine.

lundi 16 juin 2014

Rendez-vous avec le diable

Samedi je travaillait au forêt avec le broyeur de végétaux au bord du marais de pins. J’ai aperçu une chenille de papillon d’environ 7 cm sur le tronchon de bouleau. Je croyais qu’elle soit la chenille de bombyx de la ronce (Heinähukka, Macrothylacia rubi) par son apparence et le fait que la chenille de cette espèce hiverne et ne se chrysalide qu’au printemps. La chenille est appelée l’anneau du diable parce qu’elle s’enroule en anneau si on la dérange.

Après avoir pris le photo de la chenille je me suis adressé à quelques lépidoptérologues pour obtenir la vérification sur l’identité de l’espèce. Il est possible que le papillon en question soit aussi bien, ou plutôt, bombyx du chêne (Tammikehrääjä, Lasiocampa quercus). Aussi la chenille de cette espèce hiverne et se chrysalide à la fin du mai ou au début du juin. Il semble que je n’ai pas rencontré le diable. Pas encore.

Bombyx du chêne (Tammikehrääjä, Lasiocampa quercus)
Mais...

Le dernier dimanche avant la Saint Jean dans tous les pays nordiques on célèbre le Jour de la flore naturelle (Luonnonkukkien päivä). C’est une tradition assez jeune mais déjà bien établie. On organise des excursions guidées pour tous et une idée du jour et de faire les gens mieux connaitre les plantes. 

Hier, il faisait beau temps après le samedi froid et pluvieux. Nous avions choisi, ma femme et moi, de faire connaissance des Vallons de Häntälä, une part d’une zone protégee plus vaste appartenante au reseau Natura 2000. Ce n’était pas seulement pour chercher des fleurs mais pour eprouver sa nature en général. Alors qu’il y a des fleurs florissantes il y a aussi des papillons. Une fleur typique des vallons est le trolle d’Europe (Kullero, Trollius europaeus). Mais la grande spécialité est certainement le papillon semi-apollon (Pikkuapollo, Parnassius mnemosyne) qui est classifié menacé en Finlande. 

Semi-apollon est rare et pratiquement disparu en Finlande sauf aux régions sporadiques au sud-ouest principalement à cause de la disparition des pâturages. Les Vallons de Häntälä est la région où la population est la plus riche. Vraiment, au moins hier il était l’espèce dominante aux prés des pentes. 

On a identifié trois formes géographiques du semi-apollon en Finlande. Évidemment le rechercheur qui en premier réussit de trouver et identifier une nouvelle espèce, sous-espèce où même une forme géographique a le droit de la dénominer plus ou moins comme il veut. La forme qui se trouve presque uniquement dans ces vallons s’appelle Perkele. Le nom scientifique est ainsi Parnassius mnemosyne f. perkele  f. signifie forma. Il m’est presque impossible d’imaginer pourquoi ce papillon charmant soit devenu baptisé comme ça. La seule explication que je trouve est que le rechercheur possède le sens d’humour bien curieux. Perkele est le nom ancient finnois du diable et en usage fréquent même aujourd’hui pour jurer, normalement en exprimant son mécontentement mais aussi son grand étonnement (”pas vraie!”).

Voila. J’avais pourtant le rendez-vous avec le diable. (Meilleurs photos d'ici)

Semi-apollon (Parnassius mnemosyne f. perkele) sur aholeinikki* (Ranunculus polyanthemos)
*Aholeinikki ne pousse pas en France. Évidemment cette espèce n'a pas de nom français.

mercredi 11 juin 2014

Sphinx du tilleul

C’est la question de papillon et d’arbre. En effet c’est la question d’une espèce sous la famille de papillon dénommée sphinx et d’une espèce d’arbre dénommé tilleul.

Comment peut-il un papillon être appelé sphinx? Oui, dans la mythologie grecque le sphinx a les ailes d’aigle, mais cela ne suffit pas pour une association. C’est la chenille qui est le protagoniste ici. Son attitude ressemble celle du sphinx, on an trouvé. Vraiment, au devant de leur corps les chenilles de cette famille ont une sorte de tête avec une sorte de face inexpressive qui ”fascine, étonne par sa fixité indéchiffrable” [1] comme fait le sphinx égyptien. ”Effrayées par un ennemi, elles rétractent leurs segments thoraciques, soulèvent le devant de leur corps et le balancent brusquement d’un côté à l’autre” [2] représentant ainsi le monstre fabuleux grec.

Le papillon même en question, sphinx du tilleul (Mimas tiliae), n’a rien qui ressemblerait au sphinx, mais il a quelques traits qui le distingue des autres espèces de ce genre. Il tend à se fondre dans le décor. La coloration de sa livrée est composée des verts et des bruns formant la mosaïque similaire au camouflage des matériels de guerre. Son arbre nourricier préféré est le tilleul.

Il n’y a qu’une espèce spontanée du genre tilleul en Finlande, le tilleul à petites feuilles (Tilia cordata, metsälehmus = ”tilleul de forêt”). C’est moins commun que l’orme et beaucoup moins commun que le bouleau, qui sont des arbres qui aussi peuvent convenir pour plante-hôte. Le nom tilleul est composé d’un radical et du suffix diminutif -eul qui est issu du latin -olum (Dans certain mots ce suffix est remplacé par -euil comme chevreuil et écureuil). Le nom latin tilia désignant la fibre de cet arbre doit venir du mot grec tilos.

Il y a quelques jours au cours de tonte de gazon, j’ai remarqué par hasard deux papillons à l’accouplement sur le pied de la brouette. Ils ne se dérangeaient pas de ma proximité quand je prenais des photos. Il n’était pas difficile de les identifier avec le sphinx du tilleul. On sait que chez les papillons nocturnes l’accouplement peut durer toute la nuit [3], mais j’ai fait mon observation vers 10 heures du matin et le processus continuait pleinement encore au soir. Le lendemain matin ils étaient absents.

Sphinx du tilleul (Mimas tiliae)

mardi 4 mars 2014

Pauvre macareux moine

On a lu récemment quelques nouvelles surprenantes et tristes de la reigne animale. Les produits alimentaires qui viennent de Laponie ont toujours été considérés purs et de bonne qualité. Maintenant le corégone blanc, ou le lavaret, (Coregonus lavaretus, Siika) des grands lacs artificiels de Laponie est contaminé par parasites et sa chair blanche et non grasse, réputée délicate, est devenu immangeable. Seulement les oeufs sont acceptés par les restaurants. 

Les lacs artificiels ont été la source abondante de lavaret et conséquemment sa pêche a été très active. Au même temps l’accroissement de la population des espèces, sans intérêt commercial, surtout le cardon blanc (Rutilus rutilus, Särki), a pu continuer tant que l’espace vital du lavaret a diminué. On pense que cela est la cause pour l’exposition de lavaret aux parasites. Évidemment les parasites ne sont pas nocives pour l’homme, mais les poissons restent petits et les filets semblent déplaisants. Aujourd’hui le lavaret est pêché seulement pour les oeufs, le reste est enterré.


Lavaret, (Coregonus lavaretus, Siika)

En janvier il y avait une période où la température restait entre 15 et 20 degrés sous zéro pendant plusieurs semaines. Le 21 janvier, on avait trouvé par hasard un oiseau, incapable de voler, à la rive de la rue. Ce n’était pas n’importe quel oiseau, mais une espèce très rare, une espèce qui ne devrait pas se trouver au milieu de Finlande et absolument pas par tel temps. C’était le macareux moine (Fratercula arctica, Lunni). Sa place est en haute mer. Seule la reproduction le contraint à se rendre sur la terre ferme.

La personne, une sorte d’ornithologue, emmenait l’oiseau maigri chez soi. Il démarrait les  épreuves de son remise en forme en le mettant dans sa baignoire et lui donnant quelque chose à manger. Plus tard l’oiseaux a été nourri régulièrement de poisson emporté de Finlande du nord. Le poisson était le cousin du corégone blanc ou lavaret, souvent appelé par le même nom (Coregonus albula, Muikku). Le résultat était plein de promesse, l’oiseau commençait à gagner du poids. 

Le macareux devenait peu à peu une célébrité. Les journaux publiaient des histoires de l’amitié entre lui et le chien de la maison. Et puis. Un jour, c’était le 17 février, on pouvait lire que le macareux était mort. Étant examiné d’un vétérinaire, il a apparu que la cause de décès était l'attaque des parasites.


Macareux moine (Fratercula arctica, Lunni)

dimanche 15 décembre 2013

Premier signe d’été

Hier soir m'apprêtant à me coucher j’ai aperçu un moustique au mur de la chambre. Je voulais le tuer tout de suite, bien sûr! Le moustique évitait facilement mon premier coup de chausette et s’envolait émettant le son typique - si familier évoquant des joies de l’été. Par le second coup il était mort.

Je l’ai identifié avec Culiseta annulata (rengaskirsihyttynen) par sa grande taille et les segments abdominaux. J'ai pris la photo (de misérable qualité) du cadavre couchant (en misérable état) sur la page de Mathematica. Une meilleure photo peut être trouvé ici.

Ce qui est intéressant ici est la date. Pendant la tempête ”Seija”, il y a quelques jours, la température avait monté jusqu’à 7 degrés. Peut-être cette espèce, qui vole très tôt au printemps, même quand il y a encore de la neige, avait décidé que c’est le printemps maintenant.

Culiseta annulata (abattu)

lundi 27 mai 2013

Palindromes


Les formes de palindrome
se cachant dans les mots
sont fascinantes pour l’homme.
Wagner dirait: Hoo-yooh!

Après cette gauche introduction je serai sérieux. Les palindromes ne se trouvent pas seulement dans les mots ou phrases, mais dans la musique, les nombres, même dans les cellules. Dans cette forme en soi il n’y a rien de mystique, mais les conséquences de la structure palindrome peuvent être étonnantes.

Commençons avec le Crab canon de J.S.Bach. C’est une jolie invention à deux voix pour piano. C’est simple mais géniale parce qu’on peut la jouer sans ètre conscient de la structure palindrome. L’idèe de la structure est la suivante. Le nombre des mesures est 18. C’est alors un palindrome pair, qui a autant de mesures de chaque côté. La deuxième moitie est le reflet de la première mais les mains ont échangé le rôle. Depuis la dixième barre la main gauche joue les même notes que la main droite avait joué jusque là mais dans l’ordre inverse. Une excellente animation peut être trouvé ici.

La structure de Crab canon est identique aux séquences palindromiques de la double hélice de l’ADN. Ils sont des séquences de quatre nucléotides (A, G, C et T, du nom des bases correspondantes), pouvant se lire de la même façon dans les deux sens par rapport à un point central sur les deux brins (par exemple: AACGTT et TTGCAA). On a dit que l' ADN aime à jouer avec les palindromes. Une modification de la structure palindrome lors d’une mutation, par exemple, peut aider de confirmer des maladies génétiques.

Les suites de nombres entiers sont une branche de la théorie élémentaire de nombres. Les nombres entiers palindromes possèdent quelques propriètés intéréssantes mais, selon mon expérience, sont quelquefois seulement ennuyants. J’ai publié à l’OEIS quatre suites de nombres qui chacun générent tous les nombres primaires palindromiques. Aussi ceux-ci je trouve un peu ennuyants. Pourtant la recherche même était passionnante et dûre.

En ce qui concerne la littérature palindrome à prendre sérieux, si elle en existe, elle est rare. La forme palindrome est un véritable défi. On peut comparer cette restriction technique avec ceux qu’on a traditionnellement voulu poser pour la poésie:  le nombre des syllabes, le groupement des vers, la rime, le rytme, le nombre des strophes, etc. La restriction palindrome est si stricte qu’elle laisse peu de liberté à l’ecrivain pour s’exprimer. Ce fait se voit dans les palindromes publiés. C’est plutôt la forme qui contrôle ce qui se produit pendant la création que l’auteur.

À cause de la difficulté de l’auteur à écrire justement ce qu’il voudrait, les phrases palindromes tendent à rester plus ou moins étranges. Les dessins associés sont un moyen pour aider le lecteur à réaliser ce dont il s’agit. Par deux petits livres palindromes en finnois, que j’ai publié, j’ai voulu tester si, après tout, une littérature palindrome serait possible. Le plus récent est un livre illustré d’enfants ”Ella, Kalle - Ellan nalle”. C’est un livre assez ambitieux. Sa cible sont les enfants qui sont en train, ou viennent, d’apprendre à lire. Les enfants sont sans préjugés et pas encore fixées à la lecture de facon linéaire. Je compte sur ca. Pour l’instant l'accueil de la part des enfants semble positive. Au même temps quelques parents ont rapporté sur leurs propres difficultés à comprendre des palindromes, le fait qui peut déranger l'attitude de parent pendant les moments de lecture en commun avec l'enfant.

Ella et Kalle sont grande soeur et petit frère. Tout commence quand Nalle (nounour) apparait sur la porte. Le trio forme une compagnie solidaire. Ils font tout en commun: jouent, subissent des revers, font la cuisine, et finalement s’épuisent. Et le texte sur chaque page est tout en forme de palindrome.


 ©palindromit: Veikko Pohjola
©kuvat: Franz Raschbacher